El Instituto Literario se funda en 1828 y contribuye al quehacer humanístico desde sus inicios; sin embargo, de manera oficial se instituye la Academia de Humanidades el 5 de marzo de 1857.

El licenciado Adolfo López Mateos, director del Instituto entre 1944 y 1946, con la intención de profesionalizar el trabajo docente en el nivel superior, establece la Facultad de Pedagogía Superior, antecedente inmediato de la actual Facultad de Humanidades.

El 21 de marzo de 1956 el Congreso aprueba la Ley Orgánica de la Universidad Autónoma del Estado de México, que inicialmente contaba con  Preparatoria, Medicina, Enfermería, Jurisprudencia, Comercio y Pedagogía Superior. El primer rector fue el licenciado Juan Josafat Pichardo, quien había sido director en dos ocasiones del Instituto Científico y Literario.

En 1967 surge la Escuela de Filosofía y Letras, que ofrecía las carreras de Letras, Historia y Filosofía; para 1970 adopta el nombre de Instituto de Humanidades. En 1977 fue denominada Facultad de Humanidades.

A la Facultad de Humanidades estaban integradas las carreras de Psicología, Geografía, Turismo y Antropología; no obstante, a lo largo de los años fueron se desenvolvieron de manera independiente.

El primer posgrado que se aprueba en la Facultad de Humanidades es la Maestría en Estudios Latinoamericanos (1974); años más tarde se incorpora a la Maestría y el Doctorado en Humanidades.